El 1 de noviembre de 1994, en el duelo de revancha desarrollado en el Estadio San Carlos de Apoquindo de Santiago de Chile, el equipo cruzado, dirigido en ese momento por Manuel Pellegrini, ganó por el mismo marcador al cabo del tiempo reglamentario con goles de Andrés Romero, Alberto Acosta y Juvenal Olmos, camisetas de fútbol en el último minuto de descuento. Por los playoffs superó a Huachipato con un global de 4:1 y gol de oro de Iván Gabrich, luego a Temuco con un global de 3:2 y en las semifinales postergó las aspiraciones de Universidad de Chile con un marcador total de 5:4 (3:3 en la ida y 2:1 en la revancha). El día 22 de diciembre de 2005, tras una derrota de 2:1 en el tiempo reglamentario y un global de 2:2, Universidad Católica se quedó con el título del campeonato en una emocionante definición a penales ante su archirrival. Días más tarde, perdería contra la selección brasileña por un claro 6-1. A pesar de encajar en ese encuentro un total de seis goles, Antoni Ramallets se marchó del campeonato designado como el mejor cancerbero del torneo y con el apodo de «El Gato de Maracaná». Su primer rival en playoffs fue Cobreloa, club al que derrotó con un marcador global de 3:2. En la semifinal Deportes La Serena presentó dura resistencia tanto en la ida como en el partido de revancha, la llave favoreció a los cruzados por un total de 4:3. La final de ida, disputada entre Universidad Católica y Universidad de Chile, camiseta naranja valencia se jugó el 18 de diciembre de 2005. Ganó Católica con gol de Eduardo Rubio.
Para la final de la Copa Sudamericana 2017, Bochini, Bertoni, Pavoni y Santoro le dieron charlas al equipo para motivarlos para la final. Tras vencer 2:1 y 5:2 a Universidad de Chile en semifinales, Universidad Católica ganó la Liguilla Pre-Libertadores 1996 frente a Cobreloa mediante tiros desde el punto penal, debido a que tanto el juego de ida como el de revancha finalizaron con un marcador de 3:2 para cada equipo. A causa de la mayor cantidad de partidos y recaudaciones de la competencia, el club brasileño prefirió jugar la Copa Conmebol, cuya primera ronda, 1 y 11 de noviembre, coincidía con la revancha de la Copa Interamericana. Finalmente, después de un empate 1:1 en la final de ida, camisetas fútbol baratas se coronó campeón tras derrotar en la revancha por 4:0 a Rangers de Talca en San Carlos de Apoquindo. Pero esto no se dio ya que Liga de Portoviejo, quien había incumplido el reglamento en su último partido contra el Orense, apeló a la sanción de pérdida de 3-0, y volvió a jugar el partido, que había ganado 3-2, y al final fue empate a 1. Por tal motivo, los portovejenses se quedaron con el tercer puesto y en la misma situación que previamente estaba el Manta, quien se quedó cuarto y tuvo que enfrentar a Orense, el mejor equipo de ese año.
En Liga de Campeones, el equipo estuvo más acertado y consiguió llegar, nuevamente, a su segunda final dos años después de la mítica noche de Estambul. Al año siguiente, se coronó campeón de la Copa Chile 1995 y derrotó 2:1 a Colo-Colo en la final de la Liguilla Pre-Libertadores 1995. Prueba de su rendimiento en aquellos años fue que en 1993 y 1995 se ubicó a nivel mundial en el puesto 18º y 21º, respectivamente, según el ranking de IFFHS. Prueba de su poderío en aquellos años fue que en 1993 y 1995 se ubicó a nivel mundial en el puesto 18.º y 21º, respectivamente, según el ranking de IFFHS. Durante los años 2000 Universidad Católica se consagró campeón dos veces del torneo nacional en 2002-A y 2005-C, además de la Liguilla Pre-Sudamericana 2003. En términos administrativos, el 29 de septiembre del año 2009, Jorge O’Ryan anunció Cruzados SADP, empresa concesionaria que asumirá derechos comerciales y financieros del fútbol profesional y formativo de Universidad Católica por cuarenta años, a través de un vínculo renovable. Comenzaba el año 1994 y el Directorio del CDUC arrojaba una noticia bombástica que estremecía el mercado nacional.
Ricardo Abumohor, Presidente la Asociación Nacional de Fútbol Profesional. Él impuso en el equipo una visión de fútbol ofensivo, gracias a lo cual conquistó el título del Torneo de Apertura 2002. Destacaron en la campaña los triunfos 3:1 sobre Colo-Colo en la 2.ª fecha de la fase regular, encuentro disputado el 24 de febrero de 2002, 7:0 a Cobresal por la 10.ª fecha correspondiente a 21 de abril y 5:0 a Coquimbo Unido por 12.ª fecha jugada en 4 de mayo. El partido amistoso, disputado en París el 20 de febrero de 1912 ante Francia, se saldó con una derrota por 7-0 y fue criticado con dureza por la prensa local. De igual manera, entre sus entrenadores con cierto prestigio vinculados de una manera u otra al Real Zaragoza, partiendo desde D. Domingo Vela en los inicios de la refundación del club, hasta Loreto, artífice del ascenso a Segunda B como entrenador del Ebro y partícipe como jugador de la mítica Recopa de París de 1995, o Emilio Larraz que también formó parte de la entidad zaragocista, siendo entrenador en dos etapas del filial blanquillo.
