↑ «Selección: Federico Valverde en los 23 de Tabárez del exterior, reservado en primera vez en la Celeste, camisetas valencia 2024 Mauricio Lemos en lista». Ese año salieron Hernando Tigre Moyano, Luis Vásquez y Jesús Fiscó, y llegó inicialmente el argentino que había jugado para Millonarios, Adolfo Cusmai, también arribo el ecuatoriano Jorge Chompi Henriques, valencia camiseta 2024 y Federico Fico Pantoja. Luego, llegó el primer clásico contra Millonarios, camisetas personalizadas valencia el 19 de septiembre. Los jugadores de la nómina fueron: Chamorro, Miotti y Martínez; Benegas, Perucca, y Arnaldo; Contreras, Rial, Pontoni, Fernández y Moyano. El final de la temporada fue en parte ilusionante para la afición ya que el equipo rondaba por los puestos europeos, aunque tras la grave lesión del otro central titular del club Mouctar Diakhaby, el equipo se vio falto de jugadores en muchas posiciones y finalmente no logró entrar a competición europea, cosa que provocó que tras el año vivido donde la afición se volcó en el equipo, se hiciera de nuevo una manifestación para vacíar Mestalla como se hizo en la temporada 21-22 en contra de la Directiva del club, del propietario y de la gestión, manifestación que provocó la división en la afición ché y la más que reiterada división de club-afición.
El equipo argentino incluía a los jugadores del Villarreal Juan Pablo Sorín y Juan Román Riquelme. Santa Fe comenzó el año 1948 con buenos resultados, al lograr la primera victoria sobre un club argentino prestigioso: el 18 de enero venció 1-0 en juego amistoso al Vélez Sarsfield, 8° en el campeonato argentino que había terminado dos meses antes. En la ciudad de Las Palmas de Gran Canaria, a cuatro de abril de mil novecientos cuarenta y nueve, siendo sus diecinueve horas, se reúne, en el domicilio social de la Federación de Fútbol, la ponencia constituida para estudiar la fusión de los cinco club que integran el censo de la primera categoría regional, bajo la presidencia de Don Adolfo Mirando Ortega y con asistencia de los señores don Manuel Rodríguez Monroy, por la Regional; don Alberto García Sastre, por el «Real Club Victoria»; don Francisco Naranjo Hermosillas, por el «Marino C.F.»; don Vicente Di Napoli Battone, por el «Atlético Club»; don Luis González Vera, por el «Arenas Club», y don José Jiménez Sánchez, por el «C.D. Gran Canaria», actuando de secretario el que suscribe. Millonarios: Gutiérrez; Ángel Inzagaray y Tomás Aves; Alfonso Piedrahíta, Orozco y Policarpo Pérez; Alfonso Rodríguez, Víctor Manuel Fandiño, Alfredo Castillo, Pedro Cabillón y Alcides Aguilera.
Santa Fe terminó tercero con 39 puntos, a 5 de los punteros y a 7 del cuarto (Deportes Caldas con 32). Fueron 17 partidos ganados, 5 empatados y 4 perdidos, 101 goles a favor (tres más que el primero durante el torneo todos contra todos), y 50 en contra. También, siguiendo su espíritu de promover el deporte aficionado, de nuevo Santa Fe participó en los campeonatos de la Asociación Deportiva de Bogotá, «la más fuerte organización de la capital de la república» (en referencia a la Liga de Cundinamarca y a la Federación Municipal de Deportes), en las categorías primera, intermedia, segunda, tercera e infantil. El 21 de mayo de 1948, varios dirigentes del fútbol, entre ellos fundadores de Santa Fe, dieron origen a la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor), que sirvió como base de consolidación y organización del fútbol profesional colombiano. En el segundo tiempo, dominó siempre Santa Fe, pero el delantero centro local Cardona empató el juego y, poco después, el árbitro anuló otro gol del Caldas por fuera de lugar (primer gol anulado de la historia del fútbol profesional colombiano); más tarde, el Gallego Jesús María Lires López envió por encima del travesaño un cobro de penal, el primer penal desperdiciado de la historia de Santa Fe y del fútbol profesional colombiano.
Se acordó la celebración del primer campeonato profesional para el segundo semestre del mismo año. En el segundo tiempo, Vargas lanzó gran tiro al ángulo derecho, que Chonto no pudo atajar (2-2). Poco después, Castillo puso en ventaja a los Millonarios (2-3), pero Lires López empató (3-3). Mano de Fandiño a más de 30 m; de nuevo el Gallego cobró “un verdadero cañonazo”, según la prensa de la época, y puso en ventaja a Santa Fe (4-3), y siete minutos después, el mismo Lires López puso el 5-3 definitivo. En 1947 hubo una pequeña crisis tras la muerte del presidente del club, Carlos J. Frank, quien con una actitud desinteresada luchó por el continuo perfeccionamiento del equipo cardenal desde 1945. Pero la crisis fue superada gracias al entusiasmo de los seguidores y a la colaboración de los integrantes del plantel, y tras seguir compitiendo en la Liga de Cundinamarca, Santa Fe ocupó el segundo puesto en un torneo que fue suspendido por razones desconocidas. Independiente Santa Fe comenzó como un simple animador del torneo pero al final se coronó como el primer campeón del fútbol Colombiano.
