Bajo la dirección técnica de Ramoa, el equipo logró tres victorias, camiseta del valencia cf pero esto no fue suficiente para clasificar a las finales. El equipo cerró su ciclo en Ecuador con su visita al Barcelona Sporting Club en un encuentro en el que el fútbol, las ganas, el espectáculo y la imagen la puso el Bucaramanga, pero el que ganó fue el Barcelona 2-0. Después enfrentó tres partidos en condición de local: primero recibió al América de Cali con el cual perdió 0-1 en un partido en el que hubo 19 opciones de gol a favor del «Leopardo»; ubicándose en ese momento en el último lugar del grupo. En su visita a La Paz, el equipo que previamente había sido preparado para jugar en la altura por el médico del equipo, Dr. José María Alzate, realizó un excelente partido con gran despliegue físico durante los 90 minutos; sin embargo, nuevamente los problemas de definición dieron al traste con la ilusión pues al minuto 42 del segundo tiempo, el volante toledano Luis «liso» López falló una opción con el arco boliviano desguarnecido y un minuto después el Bolívar consiguió el 1-0 definitivo, terminando así su única participación en la Copa Libertadores hasta el momento.
Su cargo fue ocupado en los últimos partidos por el entrenador del filial, Pepe Sánchez, y para la siguiente temporada en Primera su sustituto sería el exentrenador del Real Zaragoza, Luis Costa. Valverde acabó siendo destituido y reemplazado por Juan Carlos Garrido, camiseta valencia cf barata entrenador del Villarreal «B». Nuevamente, al igual que con el título de Copa Colombia 2022, el club inicia su camino con una derrota en el partido de ida jugado en Barranquilla por marcador 1-0 con anotación del delantero Carlos Bacca. Permaneció en Inglaterra hasta mediados del 2002, cuando es transferido al club Estudiantes de La Plata de Argentina donde permaneció hasta finalizar ese año siendo dirigido por Carlos Bilardo. El Atlético Bucaramanga se clasificó directamente a la fase de grupos de la edición 2025 de la Copa Libertadores al coronarse campeón del torneo apertura colombiano en el año 2024. En dicho torneo integrará el bombo número 4 en el sorteo de fase de grupos. El 14 de febrero de 2008, los 36 clubes miembros de la Dimayor aprobaron la realización de una nueva edición de la Copa Colombia, que cuenta con los equipos de las categorías Primera A y Primera B del fútbol profesional colombiano.
En su primer partido el 26 de febrero de 1998 consigue un empate de visitante ante el América de Cali por 2-2, en un emotivo partido que inicio perdiendo 2-0 en los primeros 45 minutos. Si bien el balance favorece al Cúcuta Deportivo, el 20 de diciembre de 2001 en el estadio Pedro de Heredia de Cartagena el Atlético Bucaramanga ganó el clásico más importante de todos los tiempos, al vencer a su rival por penales 5-3 luego de terminar igualados al final de los 90 minutos 0-0. Al final de ese encuentro, Atlético Bucaramanga continuó en la Primera A y Cúcuta Deportivo se resignó a permanecer en la Primera B, en un evento inédito en la historia del fútbol profesional colombiano, pues fue la primera vez en que dos rivales de clásico regional disputaron directamente la posibilidad de evitar el descenso.ese año la dimayor decidió aumentar de 16 a 18 equipos la Categoría Primera A para 2002 realizó un triangular de Ascenso entre los equipos Unión Magdalena, Atlético Bucaramanga y Cúcuta Deportivo. Para este año Talleres trajo refuerzos para lograr el objetivo, con 18 bajas, y 15 refuerzos, el matador buscaba el tan ansiado ascenso. Para enfrentar esa temporada llegaron Cristopher Varela, York Becerra, quien tuvo un desempeño destacado el año anterior en la liga venezolana, Javier Reina, los argentinos Diego Chávez, Gonzalo Lencina, Nicolás Marotta y el estelar Teófilo Gutiérrez.
Este logro fue posible gracias al rendimiento del equipo bajo la dirección de Rafael Dudamel y al desempeño de jugadores clave como Fabián Sambueza, Aldair Quintana y Jefferson Mena. Tras el 2-3 de la ida en Algeciras y el 1-0 en el estadio de Mestalla el equipo descenció a Tercera División. El 6 de abril de 2014, con un Estadio Nacional repleto y con el arbitraje de Eduardo Gamboa, Colo-Colo cortó una racha de 5 años, sin vencer a la Universidad de Chile, como visitante en dicho escenario. 2-0 en el Estadio Jaime Morón quedando eliminado, en 2014 quedó eliminado en la fase de grupos. Copa Sudamericana 2021 – Fase de grupos (GD). En esta instancia, Atlético Bucaramanga perdió 5-4, siendo eliminado de la Copa. La temporada 2024 ha sido destacada para el Atlético Bucaramanga. En la temporada 2009-10, tras un mal inicio, el equipo consigue remontar posiciones hasta ponerse a un solo punto del tercer puesto a ocho jornadas del final, pero el equipo se deshincha en el tramo final y acaba en sexta posición.
