A finales de la temporada 1947-48 fue repescado para la disputa de la Copa del Generalísimo de esa temporada y debutó con la Real Sociedad ante el Sevilla FC el 13 de mayo de 1948, camisetas de futbol baratas 2024 teniendo por aquel entonces 20 años de edad. Debutó como técnico al frente del Villarreal Club de Fútbol «C» en 2009. En mayo de 2011 pasó a dirigir el filial amarillo, el Villarreal Club de Fútbol «B», logrando la permanencia en Segunda División. Jugó 204 partidos con la Real de los cuales 145 fueron en la Primera División española. Su primera temporada en Guipúzcoa la pasó en su mayor parte cedido en el histórico Real Unión de Irún, que jugaba por aquel entonces en Tercera División. 1994-2011 Teresa Rivero Sánchez-Romate 1ª mujer en llegar a la presidencia de un club de la Primera División española. En 1945 pasó al principal equipo de su localidad natal, el Club Deportivo Atlético Ciudadela.
Con el Atlético Ciudadela jugó las temporadas 1945-46 y 1946-47, proclamándose campeón de Liga y Copa de Menorca y subcampeón de Baleares. ↑ «Jose Molina se proclamó campeón con el HK Kitchee». ↑ «En Llaneros Fútbol Club la tienen clara». Ese mismo año realizó una exitosa prueba con la Real Sociedad de San Sebastián y firmó con ese club el primer contrato profesional de su carrera. Aunque no llegó a debutar como internacional en la Real Sociedad llegó a tener como suplentes a dos porteros que sí llegaron a serlo, como Ignacio Eizaguirre y José Araquistáin, lo que prueba su nivel. Recordado principalmente por su larga etapa en la Real Sociedad, donde fue junto con Eizaguirre y Araquistáin el que ocupó la portería realista durante la década de los años 1950. También jugó en el Real Madrid y el Racing de Santander. Madrid (14.º) venciera a domicilio al otro equipo revelación, el Celta que era 4.º. Y así sucedió, puesto que el Atlético ganó 0-1 en Balaídos con gol de Solari, y el Valencia venció 3-0 al Mallorca con goles de Marcelino (pp), Mendieta e Ilie.
En la temporada 2016 se proclamó campeón de la Superliga de India con el Atlético de Kolkata. El encuentro, postergado de la décima fecha, fue el último en jugarse, el 3 de enero de 1937. El elenco “albiverde”, que llegaba con un punto menos que su rival directo por el título, ganó por un amplio 6-1, lo superó en la tabla y se consagró campeón. La primera salida a la península de Juan Bagur se produjo a principios de 1947 en que el FC Barcelona le sometió a una prueba, pero el jugador no aceptó la fórmula de contratación que le ofrecieron los azulgranas. El 8 de diciembre de 2022, la RFEF emitió un comunicado anunciando su marcha a principios del 2023, siendo sustituido por Albert Luque. Su último partido en Primera División lo disputó contra el Athletic Club, donde tuvo una buena actuación a pesar de la derrota del Levante por dos goles a cero. Tras dos duras temporadas en Segunda División, el club sufrió una grave crisis económica que se consumó con su descenso administrativo por impago a los jugadores a la Segunda División B en la temporada 1981/82 después de haber quedado en un meritorio octavo puesto en la división de plata del fútbol español.
Bagur estuvo 12 temporadas en la Real, entre 1947 y 1959, de las cuales fue el portero titular en 7 de ellas (1 en Segunda división y 6 en Primera). Pako Ayestaran por dos temporadas. ↑ Agencia EFE (30 de agosto de 2006). «Molina ficha por el Levante». ↑ Agencia EFE (18 de junio de 2013). «El Getafe ficha a Molina para entrenar al filial». ↑ Agencia EFE (18 de diciembre de 2016). «El Atlético Kolkata de Molina, campeón de la Súper Liga de India». ↑ Arquimbau, J.M. (24 de diciembre de 2011). «Molina, camiseta valencia nueva ilusionado con el reto». ↑ «Molina, nuevo director deportivo de la selección». El 9 de julio de 2018, fue nombrado director deportivo de la Selección de Fútbol de España en sustitución de Fernando Hierro. Ese mismo verano, Fernando Sanz, hijo del expresidente del Real Madrid, Lorenzo Sanz, se hizo con el control del 97% de las acciones de la sociedad, convirtiéndose en presidente del club. El español José Francisco Molina fue elegido para estar al frente de la dirección técnica del Club Atlético de San Luis de cara al torneo de Clausura 2018 de la Liga de Ascenso MX. Se inició como guardameta jugando con el Club Deporto Robur, un modesto club nacido en el seno de la Unión de Antiguos Salesianos de Ciudadela.
